Os dejo un enlace donde explican cómo reparar el arranque de Windows desde la consola, arrancando con un CD o Pendrive con Windows, funciona perfectamente con Windows 10

http://www.auyanet.net/?p=4969

Estos son los comandos estrella:

bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
bootrec /rebuildbcd

Para problemas más avanzados hemos descubierto la guía definitiva para reparar el arranque de Windows. Concrétamente con un Windows Server 2012 R2 nos salvó de tener que tomar medidas extremas:
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/client-management/advanced-troubleshooting-boot-problems